2100亿南水北调成本花在哪，是另有隐情，还是确实用到这么多。与南水北调工程一再“跳票”相伴随的，是成本一涨再涨，从原先估算的1240亿元涨到2082亿元。
根据2002年国务院批复的《“南水北调”工程总体规划》，“南水北调”东线、中线一期主体工程估算总投资1240亿元，其中东线一期320亿元，中线一期920亿元。但随着“南水北调”工程一再“跳票”，成本也一涨再涨，从原先估算的1240亿元涨到2082亿元。
国务院南水北调办最新公布的数据显示，截至2014年4月底，已累计下达南水北调东、中线一期工程投资2448.6亿元;工程建设项目累计完成投资2467.6亿元，其中东、中线一期工程分别累计完成投资315.0亿元和2082.9亿元。
按照可研阶段预算，东、中线一期工程总投资为2546亿元。而国务院南水北调办原主任张基尧曾对媒体表示，东中线一期工程总投资可能要达到3000亿元。
这些年来“南水北调”，尤其是中线工程成本飞涨，到底原因何在?
从2002年动工之后，“南水北调”工程一直处于投资不足的阶段，伴随着2008年金融危机之后政府救市，作为重大工程项目，“南水北调”的投资才得以跟上。
不过，经过这么长时间耽搁，物价、用工费、拆迁费等成本早已今非昔比。
“成本肯定超预算，征地费涨了不是一点半点， 10年前一个劳力可能一天也就三四十块钱，现在一天得上百块……物价上涨、地价上涨，对工程的影响非常大。” 许新宜对21世纪经济报道记者表示，因为工程拖了十年，造价翻番“很正常”。
尤其是移民，做了很大牺牲。”贾绍凤告诉21世纪经济报道记者，除了物价上涨因素，更重要的是“南水北调”补偿标准提高了很多，征地、移民投资增加不少、“重大工程对于个人的财产、权利越来越重视，不能让老百姓牺牲太多，成本也就越来越高”。
隧道专家王梦恕则认为，工程方案采用明渠输水，也是工程造价高企的重要原因之一。在南水北调动议阶段，他曾建议采用浅埋暗挖法，全程采用暗渠输水。不过，水利部及“南水北调办”的很多专家认为，暗渠引水工程成本更高，而且维修难度也比较大，采用明渠供水，水流动时会溶解一部分空气，有助于去除部分污染物，提升渠道自净能力。
“不是简单说暗挖就贵，明挖就便宜，这个观念是错误的。”王梦恕认为，导致现在南水北调工程成本远超预算的原因在于，水渠明挖法工程量和征地面积太大，而且边坡要保证砌好，不然一下雨全垮了，此外上面还要修很多桥，花费也很大，而采用7米直径做暗渠就会少开挖很多。
“我曾经看过几次工程现场，认为这样干不行，浪费国家资源、破坏环境，很不应该。”王梦恕表示，明挖的土方工程、混凝土工程远远大于暗挖，很不合理，因此开工后工期一拖再拖。
国务院“南水北调”办原主任张基尧曾表示，“南水北调”中线的跨渠桥梁，原来只设计了600多座，最后新增1300多座，也成为工程投资增加的一个因素。
南水北调工程耗资巨大，如今也没有给我们一个满意的答复。
